Після входження території Македонії до Югославії було утворено три єпархії, до яких належали більшість жителів цієї області. Після приходу до влади комуністів спершу була утворена федеральна Македонська республіка, а потім влада погодилась на створення Автокефальної Православної Церкви.
У жовтні 1958 року в Охриді відбувся Церковний і Національний собор, що зібрав 220 священиків і мирян, на якому було вирішено відновити стародавню архієпископську кафедру в Охриді і автономію Македонської Православної Церкви. На Соборі були вибрані 3 нових єпископи для трьох нових єпархій. Це обрання було розцінено як неканонічне, оскільки на ньому був присутній всього один єпископ. Проте нова Церква заявила, що перебуває в канонічній єдності з Сербською Православною Церквою в особі Сербського патріарха.
У червні 1959 року Сербський Священний Синод визнав факт, що відбувся, і у наступному місяці обрані єпископи були рукоположені сербськими православними єпископами.
Восени 1966 роки Македонська Православна Церква офіційно звернулася до Сербського Патріархату з проханням надати їй автокефальний статус, але в травні 1967 року собор єпископів Сербської Церкви відкинув це прохання. Македонці наполягали на своєму і 17-19 липня 1967 року скликали собор в Охриді.
19 липня, грунтуючись на резолюції собору, Священний Синод Македонської Церкви проголосив автокефалію Православної Церкви Республіки Македонія. Митрополит одержав новий титул "архієпископ Охрідський і Македонський". Все це відкрито підтримувалося урядом Македонії, члени якого були присутні на постачвленні архієпископа і віддали йому належну честь.
У вересні 1967 року Синод Сербської Церкви оголосив Македонську Православну Церкву раскольницькою релігійною організацією і порвав з її ієрархією всі літургійні і канонічні відносини. Це рішення було підтримано іншими Православними Церквами: жодна з них не визнала канонічності Македонської Церкви.
Кількість вірних складає приблизно 1,2 мільйона, або 2/3 населення Македонії (всі слов'яни). Крім того вони мають громади в США і Австралії.
На даний час предстоятелем Македонської Православної Церкви є архієпископ Охрідський і Македонський Стефан (Вельяновський)