Наприкінці XVII ст. територія сучасної Естонії була завойована Швецією, у результаті чого населення країни прийняло лютеранство. На початку XVIIІ ст. Естонія опинилася під владою Петербурзької Імперії. У цей період, особливо в ХІХ ст., багато естонців під впливом політики уряду прийняли православ’я. Разом з великорусами, що мешкали на естонських землях, православні естонці склали значну за своєю чисельністю громаду.
Після революції 1917 року Естонська Республіка проголосила незалежність, 1920 року була визнана РСФСР. Зважаючи на те, що Естонська єпархія існувала на території нової незалежної держави, а також враховуючи факт гонінь на Церкву в СССР, єпископ Талліннський Олександр звернувся до Вселенського (Константинопольського) Патріарха з проханням прийняти Церкву під свою юрисдикцію.
7 червня 1923 року Патріарх Константинопольський Мєлєтій ІV видав Окружне послання (Томос), що приймало Естонську Православну Церкву (ЕПЦ) до своєї юрисдикції та дарувало їй автономію. Він присвоїв єпископу Олександру титул митрополита Талліннського та всієї Естонії.
До 1940 року до ЕАПЦ належали 210.000 віруючих, 3 єпископи, 156 парафій, 131 священик, 19 дияконів, 2 монастирі та духовна семінарія. Більшість віруючих були естонцями.
1940 - СССР анексував Естонію. Під час Другої світової війни країну окупували німецькі війська, але 1944 року сюди повернулась радянська влада.
Митрополит Олександр, разом із 23 священиками, емігрував до Швеції. Церковне керівництво, осівши у м. Стокгольм, залишилось в юрисдикції Вселенського Патріарха. Паства ЕПЦ на вигнанні складала 10.000 православних естонців, що були розкидані у багатьох країнах світу.
Після смерті 1953 митрополита Олександра Вселенський Патріарх призначив нового голову ЕПЦ - ним став Юрій (Вяльб). Після його смерті 1961 естонські парафії, що знаходилися в діаспорі, передані під керівництво грецьких єпископів Константинопольського Патріархату.
Що стосується Естонської Православної Церкви в Естонії, то в 1944-1945 роки вона була приєднана до Московського Патріархату Російської Православної Церкви (РПЦ) як Талліннська та Естонська єпархія. Керуючим єпархії 1961-1990 був митрополит Олексій (Рідігер), нинішній Патріарх Московський.
1978 - на вимогу РПЦ, Вселенський Патріарх оголосив Томос 1923 року, що засновував автономну Естонську Церкву, недійсним.
Після розпаду СССР та відновлення у 1991 році незалежності Естонії у православній спільноті розігралася суперечка поміж тими, хто хотів зберегти зв'язок з Московським Патріархатом, та тими, хто хотів відновити автономну Естонську Церкву під юрисдикцією Вселенського Патріархату.
Після тривалих переговорів поміж Константинополем та Москвою дійти згоди так і не вдалося. 20 лютого 1996 року Священний Синод Вселенського Патріархату відновив діяльність Томоса 1923 року та заснував Естонську Автономну Православну Церкву під своєю юрисдикцією, призначивши архієпископа Карельського та всієї Фінляндії Іоана місцеблюстителем та предстоятелем цією Церкви. Московський Патріархат зреагував рішуче та швидко: він розірвав євхаристійне єднання з Вселенською Патріархією та перестав поминати ім`я Вселенського Патріарха під час літургії.
У квітні 1996 року делегації обох боків зустрілись у м. Цюріх (Швейцарія) та дійшли з цього питання принципової згоди. 16 травня обидва Священних Синоди прийняли рекомендації Цюріхської зустрічі. Домовленість припускає існування в Естонії двох паралельних юрисдикцій, причому було запропоновано самостійно визначитися: чи належати їм до Естонської Церкви в юрисдикції Вселенського Патріарха, або ж до Церкви, яка входить до Московської Патріархії.
При цьому Константинопіль наклав чотирьохмісячний мораторій на своє рішення від 20 лютого про заснування автономної Естонської Церкви. Обидва патріархи висловили згоду з естонським урядом для того, щоб усі православні естонці мали змогу користуватися рівними правами, у тому числі, правом на власність. У результаті домовленості було відновлено повне літургічне спілкування поміж Москвою та Константинополем, а ім`я Патріарха Варфоломія знов внесено до диптиху у Москві.
З 80 православних парафій Естонії 50 парафій з 7.000 віруючих приєдналось до відродженої Естонської Автономної Православної Церкви під юрисдикцією Константинополя. Інші 30 парафій, в яких налічується значно більше членів (від 50.000 до 1000.000) і до яких належать жіночий монастир у Пюхтиці, залишилися в Естонській Православній Церкві Московського Патріархату.
13 березня 1999 року Священний Синод Вселенського Патріархату обрав єпископа Назианзінського Стефана митрополитом Таллінським та Естонським.