Історія Константинопольської Церкви тісно пов'язана з одним містом - Константинополем (нині Стамбул), або просто "Містом", як його дотепер називають греки. Завдяки цьому місту Константинопольська Церква отримала свій особливий статус в сім'ї Помісних Православних Церков. Дійсно, через деякий час після того, як Константинополь став новою столицею Римської імперії, місцева єпископська кафедра зайняла друге місце після Римської, як про це говориться в третьому правилі Другого Вселенського Собору: "Константинопольський єпископ нехай має перевагу честі по Римському єпископові, тому що місто це є новий Рим".
Константинополь і Константинопольська Церква завжди були і дотепер залишаються зв'язаними якимись таємними і нерозривними узами. І хоча протягом двадцятого сторіччя, та і раніше неодноразово розглядалися варіанти перенесення Константинопольської кафедри в інші країни, ці проекти не були так і здійснені. І зараз, не дивлячись на те що основна паства цієї Церкви розсіяна по всьому світу, її центр як і раніше знаходиться в Константинополі. Тут у Константинопольської Церкви залишається близько 3000 чоловік. Історія Константинопольської Церкви може бути розділений на п'ять періодів.
1. Період "торжества Православ'я", який почався в 330 році і кінець якого умовно можна обмежити 843 роком, коли була отримана остаточна перемога Православ'я над іконоборством.
Це період формування практично всіх аспектів церковного життя: віронавчального, этико-аскетичного, канонічного і т.д. По-перше, за ці п'ять сторіч було сформульоване і вдягнулося в догматичні положення дане Христом одкровення про Бога, людину і світ. Одкровення Христове було сформульоване Отцями Церкви і закріплене церковними Соборами. Провідне місце в цих процесах займала Константинопольська Церква. Так, одним з самих відомих Отців Церкви цього періоду був Константинопольський єпископ св. Григорій ( + 389), відомий в церковній традиції як "Богослов". Він немало сприяв спростуванню єресі аріанства і формулюванню вчення Церкви про Бога і Боговтілення.
Іншим не менше відомим Константинопольським єпископом був св. Іоанн ( + 407), що був названий за своє красномовство "Златоустом". Крім того, з семи Вселенських Соборів Церкви три збиралися в Константинополі. Це Собори другий (381), п'ятий (553) і шостий (680/681). Крім того, в Константинополі збирався так званий "п'ято-шостий" або "Трулльський Собор" (691), що зіграв чималу роль у формуванні канонічної традиції Православної Церкви. Протягом даних п'яти сторіч сформувалося також етично-аскетичне вчення Церкви. Вирішальну роль в цьому зіграло чернецтво, яке, у свою чергу, зародилося і досягло різноманіття форм саме в перший період. Чималу роль в цьому знову-таки зіграла Константинопольська Церква, чому прикладом є Студійний монастир. Ця обитель мала вирішальне значення в перемозі Православ'я над іконоборством і зробила великий вплив на розвиток чернецтва не тільки у межах Візантійської імперії, але і далеко за її межами.
Так, самий відомий монастир стародавньої Русі - Києво-Печерський, жив по статуту саме Студійної обителі. В цей період відбувалося становлення не тільки догматичного і етично-аскетичного вчення Церкви, але також активно розвивалася її юрисдикційно-адміністративна структура. З найпростіших общин, заснованих апостолами, Церква розвинулася в співтовариство Патріархатів, що отримали складну ієрархічну структуру і що включили митрополії, які, у свою чергу, були утворені з більш дрібних єпархій. Також в цей період формувалися парадигми відношення Церкви і держави, що завершилися досягненням знаменитої візантійської симфонії. Всі ці процеси також багато в чому були пов'язані з Константинопольською Церквою.
 2. Період "Хрестових походів", який закінчився в 1204 році захопленням Константинополя хрестоносцями.
Цей період ознаменований зростанням суперечностей між східною і західною частинами Римської імперії і, відповідно, Східною і Західною Церквами, центрами яких були відповідно Константинополь і Рим. Рим все більше претендував на гегемонію в християнському світі, до чого його підштовхували західні королі. Найвиднішим з них був король франків Карл ( + 814), що зіграв чималу роль у відособленні Західної Церкви від Східної і нагнітанню ворожості між Заходом і Сходом. Результатом цієї ворожості стало те, що, коли із Заходу почали відправлятися хрестові походи з метою звільнення Святих Земель від мусульманського панування, по дорозі вони розоряли міста і храми східних християн, сприймаючи їх вже не як братів, але як своїх ворогів.
Врешті-решт хрестоносцями в 1204 році був захоплений Константинополь, який став столицею Латинської імперії. На кафедру православних Константинопольських Патріархів був посаджений латинський патріарх. Таке положення тривало до 1261 року, коли Константинополь був відвойований імператором Михайлом VIII Палеологом ( + 1282). Найвиднішим діячем цього періоду був Константинопольській патріарх св. Фотій ( + біля 891), якого в Греції називають "Великим". Фотій був одним з самих вчених людей свого часу. Він один з перших виступив проти змін в церковній традиції, які почали з'являтися на Заході. Ці зміни торкалися як літургійної і церковної практики, так і вчення Церкви.
Св. Фотій дав грунтовний аналіз і спростування латинського вчення про те, що Дух Святий нібито походить як від Отця, так і від Сина ( вчення про Filioque). Також з ім'ям Фотія пов'язаний початок місії серед слов'ян, що здійснювалася братами свв. Кирилом ( + 869) і Мефодієм ( + 884). Таким чином, саме Константинопольській Церкві велика частина слов'янського світу зобов'язана своїм наверненням в християнство.
3. Період з 1261 року, коли Константинополь був звільнений від латинських загарбників, до 1453 року, коли він був остаточно захоплений турками.
Після латинської окупації Константинополя Східна Римська імперія, пізніше що отримала назву "Візантії", вже ніколи не досягала своєї колишньої могутності. Так, до 1300 року від неї залишалися лише Константинополь, території сучасної Греції, Фракії і західна частина Малої Азії. Головним ворогом Імперії в цей період сталі турецькі племена, які раніше часто бували її союзниками. Тепер же вони, скориставшися слабкістю держави і консолідувавшися в єдину силу, звернулися проти свого союзника і почали завдавати йому нищівного удару. Щоб знайти вихід з ситуації, що склалася, багато Константинопольських імператорів стали звертатися за допомогою до Заходу. Захід же в обмін на таку допомогу вимагав підкорення східних Церков Риму. Деякі імператори, а також частина державної і інтелектуальної еліти були згодні з'єднатися з Римом на його умовах, тобто фактично прийняти владу Римських пап і нововведення у віровченні і церковній практиці. Цьому, проте, протистояв простий народ. Так у Візантії утворилися дві партії: прихильників і супротивників з'єднання з Римом. Практично весь даний період пройшов під знаком протистояння цих двох партій. То одна, то інша партія брала гору.
Тимчасова перевага проуніатської партії привела до підписання уній з Римом в 1274 році в Ліоні і в 1453 році у Флоренції. Проте цим спробам протистала переважна частина візантійського суспільства і кліру, і вони фактично провалилися. В контексті протистояння про- і антиуніатських партій в XIV столітті виникли так звані "ісихастські суперечки". Ці суперечки велися навкруги питання про природу Божественного світла, а також про автентичність досвіду цього Світла, що переживається подвижниками благочестя. Найзначущішою фігурою цих суперечок і захисником православного вчення про нетварність Божественного світла став святогорський чернець і згодом Солунський архієпископ св. Григорій Палама ( + 1359). Православне вчення, сформульоване ним і його сподвижниками, було підтверджене на Константинопольських Соборах 1341, 1347 і 1351 років.
4. Період турецького панування, який завершився утворенням незалежної грецької держави в 1821 році і оголошенням Елладською Церквою незалежності.
З падінням Константинополя і поступовим зникненням Східної Римської імперії роль Константинопольської Церкви серед її пастви значно зросла. Султан Мухаммед II ( пом. 1481), що завоював Константинополь, не тільки залишив Константинопольським Патріархам церковну владу над православним населенням новоутвореної імперії Османа, але наділював їх також політичною владою, якою вони не мали у Візантії. Константинопольський Патріарх розділив з султаном політичне лідерство серед православного населення Турецької імперії. Статус Константинопольських Патріархів зазнав зміни згідно парадигмі, характерній для ісламського світу, в якому відмінність між політичною і релігійною владою ледве виражена і ці дві влади, як правило, поєднуються в одній особі. Турецький султан як мусульманин не міг стати релігійним главою православних, але також не міг стати їх повноцінним політичним лідером, оскільки ісламська традиція не дозволяла йому бути лише політичним лідером. Компроміс в цій ситуації був знайдений в тому, що Константинопольський Патріарх як традиційний духовний глава православного народу отримав також політичну владу над ним.
Завдяки цьому був дотриманий принцип поєднання двох влад в одній особі, а також султан був позбавлений від необхідності бути духовним главою християн, що зустріло б відсіч у останніх і напругу серед мусульман. Проте, Патріарх не міг стати повноцінним політичним главою православних і повинен був підкорятися султану. Тому він швидше був посередником і провідником волі султана, але також ніс відповідальність за негаразди, якщо такі виникали серед підлеглого йому народу. Прикладом того, як Константинопольські Патріархи відповідали за негаразди серед православних, є мучеництво св. Григорія V ( + 1821), який був повішений на воротях Патріархії після того, як в Греції почалася визвольна революція. З самих відомих діячів цього періоду слід відзначити патріархів Ієремію II ( + 1595) і Кирила Лукаріса ( + 1638). Обидва патріархи жили в період зародження і бурхливого розвитку Реформації в Європі і були вимушені відповідати на виклики цього руху.
В самому початку Реформації деякі її діячі намагалися встановити контакти з ієрархами Православної Церкви, шукаючи в ній опору своїм шуканням неспотвореного християнства. Патріарх Ієремія, з яким вступили в спілкування ці діячі, прихильно віднісся до їх спроб повернутися до початкової християнської традиції і виказав готовність до діалогу з ними. Проте, стоячи на варті церковної традиції, він відкинув ті новотвори, які отримали розвиток в Протестантизмі. Кирило Лукаріс не був такий принциповий перед лицем Реформації і прийняв деякі її ідеї в їх кальвініській інтерпретації. Ці ідеї були висловлені в приписуваному Лукарісу "Сповіданні віри", виданому в 1629 році в Женеві. Це "Сповідання" було осуджено декількома православними Соборами.
5. Сучасний період з 1833 року і до цього дня.
В результаті Балканських воєн на початку XX століття, а також невдалої спроби відвоювати у Туреччини Малу Азію велика частина грецького населення Туреччини була вимушена втікати, осівши в Греції і розсіявшися по всьому світу. Константинопольська Церква, таким чином, розгубила майже всю свою паству. Проте, вона зберегла свою юрисдикційну владу над значною частиною населення, що покинула Туреччину. Так поступово були засновані єпархії Константинопольської Церкви за межами її традиційної канонічної території – як в Старому, так і в Новому Світі. Переважна частина Константинопольського Патріархату до теперішнього часу знаходиться зовні її історичної канонічної території.
Предстоятелем Константинопольського Патріархату на данний момент є Варфоломей I. 232-й Патріарх Константінопольській Варфоломей I (у миру Дімітріос Архондоніс) народився 12 березня 1940 року на турецькому острові Імврос. Школу закінчив в стамбулі, богословскую школу - на острові Халкі. В 1961-1963 рр. служив офіцером в турецькій армії. Подальшу освіту (церковне право) отримав в Швейцарії і Мюнхенському університеті. Доктор богослів'я Папського Східного інституту в Римі. 25 грудня 1973 року хіротонісований в єпископа з титулом митрополит Філадельфійський. Протягом 18 років був управляючим Патріаршим кабінетом. В 1990 році призначений митрополитом Халкидонським. Був вибраний предстоятелем Константинопольської Церкви 22 жовтня 1991 року, чин інтронізації відбувся 2 листопаду. Титул предстоятеля: Святійший Архієпископ Константинополя - Нового Рима і Вселенський Патріарх. Патріарша резиденція і кафедральний собор в ім'я святого великомученика Георгія Переможця знаходяться у Фанарі (район Стамбулу).