Вселенська Церква складається з окремих помісних Церков. Помісні Церкви у свою чергу містять у собі єпископії (єпархії), а єпархії – парафії. Існують й інші одиниці адміністративно-територіального поділу Церкви: автономні церкви, екзархати, митрополичі округи. Така структура Церкви склалася протягом перших століть її історії, і з того часу в основі своїй вона залишається незмінною.
Адміністративний поділ Церкви будується на територіальному, а не національному принципі. За нормальних умов православні християни будь-якої національності, що проживають на одній території, складають одну парафію та настановляються одним єпархіальним єпископом, тому що, за словом апостола Павла, у Христі “немає ні елліна, ні іудея, ні обрізання, ні необрізання, варвара, скіфа, раба, вільного” (Кол. 3, 11). Як сказано, правда, у 34-му Апостольському правилі, “єпископам всякого народу належить знати першого серед них...” – однак, історичний контекст цілком однозначно говорить про те, що під “народом” у каноні розуміється територія, зайнята тим чи іншим народом. Провінції Римської імперії склали землі, населені племенами, які зазнали пізніше еллінізаціі чи латинізації, у назвах провінцій збереглася пам'ять про народи, що населяли їх колись: Дакія, Галатія, Фракія, Нумідія.
У своєму територіальному розмежуванні помісні Церкви зважають на політико-адміністративний поділ, на державні й адміністративні кордони. Крім очевидних зручностей, цей принцип знаходить непряме обґрунтування в самих канонах. Так, 38-е правило Трулльського Собору говорить: “...Якщо царською владою знову улаштований чи надалі улаштований, буде град, то цивільним і земським поділам нехай відповідає і поділ церковних справ”.
Територіальне начало в розмежуванні церковної юрисдикції допускає і винятки, які за суттю своєю у певному значенні аналогічні поняттю екстериторіальності в міжнародному праві. Так, у давнину глави одних помісних Церков для підтримки постійного спілкування з іншими Церквами направляли до їхніх митрополитів, екзархів чи Патріархів своїх представників – апокрисіаріїв. Монастирі, у яких перебували апокрисіарії, знаходилися в канонічній владі тієї Церкви, що їх направила. Ці монастирі називалися метохами, чи подвір´ями. В епоху турецького іга Східні Патріархати засновували свої подвір´я при інших Церквах, особливо багато – у Росії, для збору милостині.
Іншим відступом від територіального начала в розмежуванні юрисдикції є право Патріаршої ставропігії. Поставлення хреста єпископом при заснуванні церкви чи монастиря є символом їхньої канонічної залежності від нього. Право патріаршої ставропігії полягає в тому, що Патріарх може поставити хрест і при улаштуванні монастиря чи церкви поза межами своєї єпархії, включивши їх тим самим у свою безпосередню юрисдикцію. У Росії в синодальну епоху правом ставропігії користувався Святійший Синод.
У візантійську епоху Константинопольські Патріархи підкоряли своїй юрисдикції цілі єпископії, що знаходяться в межах митрополичих областей. Такі єпископії іменувалися автокефальними архиєпископіями; під автокефальністю розумілася їхня незалежність від місцевого митрополита.
Унікальною подією в історії Церви було переселення в VII столітті, під час навали арабів, Кіпрської Церкви на територію Константинопольського Патріархату в Геллеспонт. Кіпрська Церква і в Геллеспонті зберегла свою автокефалію. З цього приводу Трулльський Собор видав особливе 39-е правило: “Оскільки брат і співслужитель наш Іоан, предстоятель острова Кіпру, разом зі своїм народом, через варварські навали, і щоб звільнитися від язичницького рабства, і вірно коритися скіпетру християнської держави, зі згаданого острова переселився в Геллеспонтську область, промислом чоловіколюбного Бога, і старанням христолюбивого і благочестивого царя нашого; то ми ухвалюємо, нехай будуть збережені незмінними переваги, дані престолу названого вище мужа від богоносних отців, які в Єфесі колись зібралися, нехай має новий Юстиніанополь права Константинополя, і поставлений в ньому боголюб´язний єпископ нехай буде старшим над усіма єпископами Геллеспонтської області, і нехай посталяється від своїх єпископів, за древнім звичаєм”.
Найбільш серйозним відступом від територіального початку в розмежуванні церковної юрисдикції є діаспора. У країнах, де православні християни живуть не компактною масою, а розсіяні між інославними чи іновірцями, на одній території можуть існувати парафії і навіть єпархії різних Церков. Як відомо, у XX столітті, коли православна діаспора в Америці та Західній Європі в багато разів зросла як внаслідок переселення православних, так і в результаті приєднання до Православ'я інославних християн, у цих країнах постав ряд історично обумовлених проблем у розмежуванні церковної юрисдикції. Константинопольський Патріарх висунув вчення про особливі права Вселенського Престолу і в зв'язку з цим про підпорядкування йому всієї діаспори Західної Європи й Америки. Такі претензії, як цілковито нові, раніше невідомі Церкві, відкидаються більшістю помісних Церков. Споконвіків у житті Церкви дотримувалася наступна норма: Церква, яка навернула до християнства нехристиянський народ або повернула до Православ'я єретичну чи розкольницьку громаду на території, що не входить до складу жодної помісної Церкви, стає для новозаснованої Церкви Церквою-Матір´ю, кіріархальною Церквою. Саме через це, а зовсім не в силу 28-го правила Халкидонського Собору, Російська Церква протягом сторіч знаходилася в канонічній залежності від Константинопольського престолу.
У 131 (117)-му правилі Карфагенського Собору сказано: “За декілька років перед цим, у цій Церкві, повним собором визначено, щоб Церкви, що знаходяться в якому-небудь місці, раніше видання законів про донатистів, які стали кафоличними, належали до тих престолів, єпископами яких переконані були приєднатися до кафоличного єднання...”
Територія православної діаспори тому може знаходитися в юрисдикції різних помісних Церков, як це нині і відбувається в Західній Європі і в Америці. Подібна ситуація має тимчасовий характер. Налагодження та розвиток нормального церковного життя в названих країнах має зрештою привести до утворення нових автономних чи автокефальних Церков, але доки цього немає, питання про розмежування юрисдикції залишається складним, спричиняє незгоди та суперечки. При вирішенні подібних суперечок між автокефальними, незалежними однієї від одної Церквами, варто враховувати ряд обставин: у 132 (118)-му правилі Карфагенського Собору названі дві з них – територіальна близькість і воля самого церковного народу: “Про те, як єпископи кафоличні, і ті, що повернулися від країни Донатової, розділяють між собою єпархії. …Якщо ж трапиться бути єдиному місцеві; тоді нехай надається тому, до якого в більшій близькості виявиться. Якщо ж буде однаково близько до обох престолів; тоді нехай надійде до того, котрого народ обере”.
Що стосується територіальної близькості, то, як виходить із 24 (17)-го правила Карфагенського Собору, Нумідійський примас втратив юрисдикцію над Церквою Мавританії Ситифенської “через її віддаленість”. У “Підаліоні” у тлумаченні на це правило говориться про його вселенське значення. При територіальному розмежуванні діаспори певне значення має й етнічний принцип, але значення його обмежене рамками саме діаспори. Тому Константинопольський Собор 1872 р. справедливо засудив етнофілетизм як зазіхання на канонічний церковний устрій.