Вселенська Церква складається з автокефальних помісних Церков. Значення терміну “автокефалія” змінювалося. Як ми вже знаємо, “автокефальними” у візантійську епоху називалися архиєпископії, не залежні від місцевого митрополита та безпосередньо підлеглі Патріаршій юрисдикції. У грецькій канонічній і церковно-історичній літературі дотепер розрізняють статус чотирьох древніх Патріархатів, з одного боку, і нових автокефальних Церков, з іншого, котрі, хоча і визнаються цілком самостійними, але, однак, не поставлені в один ряд із древніми Східними Патріархатами. Питання про право на автокефалію і в наш час продовжує залишатися гострим та складним. Навколо нього виникали в минулому і мають місце дотепер суперечки, які часто набувають болісного характеру, спричиняють негаразди та навіть поділи, аж до розриву канонічного спілкування.
Для з'ясування канонічно безперечних критеріїв автокефалії насамперед необхідно висвітлити питання про право засновувати самостійну Церкву або дарувати автокефалію. Існує юридичний принцип: ніхто не може надати іншому більше прав, ніж має сам. Це канонічна аксіома. Тому заснувати нову автокефальну Церкву може або єпископат Вселенської Церкви, або єпископат Церкви автокефальної. Влада єпископату спадкоємна від апостольської.
У минулому інколи висловлювалися помилкові судження про те, що автокефальними можуть бути лише Церкви, засновані самими апостолами. Папа Лев Великий на цій підставі заперечував автокефалію Константинопольської Церкви. Навіть Антіохійський Патріархат відмовляв в автокефалії Грузинській Церкві, спираючись на той історично сумнівний факт, що ніхто з апостолів не був у Грузії. Проте, з одного боку, багато з Церков безсумнівно апостольського походження автокефалії ніколи не мали (наприклад, Коринфська, Фессалонікійська), а з іншого – існують Церкви, самостійність яких загальновизнана, хоча вони й не можуть похвалитися апостольським походженням. Автокефалію Церкви набували та втрачали в процесі історії. І вселенський єпископат, який став спадкоємцем апостольського сонму, саме сонму, а не окремих апостолів, має безперечне право суверенно вирішувати питання про заснування та скасування автокефалії, про кордони між помісними Церквами. На Вселенських Соборах – надзвичайних органах єпископської влади – дійсно вирішувалися питання про заснування помісних Церков, їхніх рангах, про кордони між ними, про скасування автокефалії деяких з Церков: так, Халкидонський Собор підтвердив автокефалію Константинопольської Церкви та підпорядкував їй Асійський, Понтійський і Фракійський діоцези.
Оскільки Вселенські Собори і в давнину були подіями винятковими, а тепер от уже понад 1000 років не скликаються, звичайно питання про нову автокефалію або скасування старої вирішується єпископатом помісних Церков, компетенція якого, на відміну від вселенського єпископату, поширюється лише в межах своєї Церкви. При цьому волю помісного єпископату може висловлювати як повний собор, так і малий собор єпископів – Синод.
Константинопольський Патріархат надавав автокефалію Болгарській Церкві (у 932, 1234 і 1946 рр.), Сербській Церкві (у 1218 і 1879 рр.), Російській Церкві (у 1589 р.), Елладській Церкві (у 1850 р.), Румунській Церкві (у 1895 р.) й Албанській Церкві (у 1938 р). Російська Церква дарувала автокефалію Польській, Чехословацькій і Американській Церквам у післявоєнні роки. Відомо і про злиття декількох автокефальних Церков в одну. Так, у 1920 р. три автокефальні Церкви: Сербська, Карловацька і Чорногорська, а також автономна Церква Босно-Герцеговинська з частиною Константинопольської та Буковинсько-Далматинської Церков об'єдналися в одну Сербську Церкву.
Тільки воля кіріархальної Церкви може бути законним фактором у заснуванні нової автокефалії, але історія знає й інші приклади. Бувало, що автокефалія проголошувалася органом державної влади чи місцевим єпископатом, що самовільно вийшли з підпорядкування соборному єпископату автокефальної Церкви та її першому єпископу. Незаконність подібних акцій із канонічної точки зору очевидна, хоча в тих випадках, коли це було спричинено справді назрілими потребами церковного життя, поділи, що виникали услід за самочинним актом, вдавалося виліковувати пізнішим законним даруванням автокефалії з боку Церкви-Матері. Так, Елладський єпископат проголосив автокефалію вже в 1833 р., а дарована вона була Елладській Церкві тільки в 1850 р.; незалежність Румунської Церкви була самочинно проголошена в 1865 р., тобто за 20 років до дарування їй автокефалії Константинопольським Патріархатом; польські автокефалісти в 1923 р. пішли на незаконне відділення від Російської Церкви-Матері, і тільки в 1948 р. питання про польську автокефалію було вирішене правомірно. Подібна ж причина спричинила розрив у спілкуванні між Російською та Грузинською Церквами, що продовжувався з 1917 по 1943 рік.
Автокефалія може засновуватися і всупереч встановленому порядку, однак на законній підставі: у випадку, якщо влада кіріархальної Церкви ухилиться в єресь або розкол. Тоді в силу вступає 15-е правило Двократного Собору: “...Ті, хто відокремлюється від спілкування із предстоятелем, заради якоїсь єресі, засудженої Святими Соборами чи Отцями, коли, тобто, він проповідує єресь всенародно, і вчить її відкрито в церкві, такі якщо і захистять себе від спілкування з названим єпископом, раніще соборного розгляду, не тільки не підлягають встановленій правилами епітимії, але й гідні честі, що належить православним. Тому що вони засудили не єпископів, а псевдоєпископів та псевдовчителів, і не розколом припинили єдність Церкви, але постаралися оберегти Церкву від розколів і поділу”. Це правило поширюється і на вірний православний єпископат однієї з частин Церкви, вища влада якої відійшла від істини. У таких обставинах опинилася Російська Церква після Флорентійського Собору; тому і затвердила вона в 1448 р. свою незалежність від Константинополя, не питаючи на те згоди Патріарха та Синоду, які зрадили Православ'я.
Влада помісного єпископату поширюється лише в межах помісної Церкви. Тому канонічно непереконливі дії Константинопольського Патріархату, який у XX столітті надавав автокефалію окремим частинам інших Церков: вигадана незаконна автокефалія була дарована Польській Церкві й автономія – Церквам Естонії та Фінляндії (остання, проте, у 1957 р. отримала визнання Російської Церкви – Матері Церкви Фінляндської). Для обгрунтування таких дій Константинопольський Патріархат, по-перше, висунув претензію на виняткову юрисдикцію над усією діаспорою, а, по-друге, саме поняття діаспори почав тлумачити занадто широко – під діаспорою в Константинополі розуміють всі парафії і навіть цілі єпархії, що знаходяться за кордонами держави, у якій знаходиться автокефальна Церква.
30 травня 1931 р. Константинопольський Патріарх Фотій II, доводячи право підкорити собі сербські єпархії, що знаходяться за межами Югославії, писав Патріарху Сербському Варнаві: “Всі православні церковні громади та колонії, що знаходяться в діаспорі та поза межами православних автокефальних Церков будь-якої народності, повинні в церковному відношенні бути підлеглими Святійшому Патріаршому Престолу”. Для обгрунтування цієї дивної доктрини Константинопольський Патріарх посилається на 28-е правило Халкидонського Собору, у якому зафіксовані межі юрисдикції престолу Нового Рима: “…тільки митрополити областей Понтійська, Асійська та Фракійська, і також єпископи в іноплемінників вищеназваних областей, нехай поставляються від вищеназваного святійшого престолу Святійшої Константинопольської Церкви...” Яке відношення мають православні громади Західної Європи до іноплемінників вищеназваних областей – пояснити більш ніж важко. За всім цим стоїть канонічна та географічна невідповідність.
Оскільки для обгрунтування нововигаданих претензій посилання на 28-е правило Халкидонського Собору являє собою очевидну натяжку, в останні десятиліття в Константинополі головні аргументи на користь цих домагань знаходять у змісті 9-го та 17-го правил того ж Халкидонського Собору, де мовиться про права кліриків подавати апеляції на суд митрополита: “...екзарху великої області, чи до престолу царюючого Константинополя” (прав. 9). На 9-е правило посилаються як на підтвердження виключних прав Константинопольського Патріархату в Церкві Вселенської, з чого вже виводяться і часткові переваги та права останньої, у тому числі і юрисдикція над діаспорою. Така суть аргументації митрополита Сардійського Максима, автора твору, у якому відстоюється вселенська влада Константинопольських Патріархів.
Проте уважний аналіз історичного контексту, а також зміст цих правил дозволяють зробити один-єдиний висновок: мова йде про кліриків Константинопольського Патріархату, який тільки на Халкидонському Соборі отримав право юрисдикції над “великими екзархатами”, що згадуються в 28-му правилі: Понтійським, Асійським і Фракійським. Сам митрополит Максим не знаходить можливості поширювати дію даного правила і на Західний Патріархат. Це було б надто абсурдним через дійсне співвідношення рангів честі перших п'яти єпископів епохи Халкидонського Собору. Що ж у 9-му та 17-му правилах дає підстави для проведення такої иежі: кліриків Римської Церкви воно не стосується, а стосується тільки Церков Антіохії, Олександрії, Єрусалима та Кіпру? Для настільки своєрідно профільованого проведення межі зазначені правила ніяких підстав не містять.
Сутність автокефалії в тому, що автокефальна церква має самостійне джерело влади. Її перший єпископ, її глава поставляються своїми архиєреями. II Вселенській Собор, затверджуючи древню автокефалію Кіпрської Церкви, надав “тим, хто начальствує в ній” свободу, “без претензій до них і без утиснення їх... самим собою здійснювати поставлення благоговійнійших єпископів”. Халкидонський Собор, позбавляючи незалежності діоцези Понта, Іраклії й Асії, надає Константинопольському престолу поставляння митрополитів у цих областях (прав. 28). Оскільки для архіпастирської хіротонії нормальним чином потрібна участь трьох єпископів, а поставляння здійснюється на кафедру, що вдовствує, з цього неминуче випливає, що для автокефального буття Церкви повинні мати не менш чотирьох єпископських кафедр.
Самостійність автокефальних Церков носить, звичайно, обмежений характер, виявляючись тільки відносно інших помісних Церков, але аж ніяк не Вселенської Церкви, частиною якої вони є. Тому не може бути й мови про самостійність окремої помісної Церкви у сфері віровчення, яке одне й те саме зберігається Вселенською Церквою споконвічно. Усяка розбіжність із істиною, що зберігається всією Церквою, спричиняє випадання з церковного лона. Усі помісні Церкви дотримуються святих канонів, застосовуючи їх до місцевих умов. У сфері богослужіння самостійність автокефальних Церков обмежена обов'язковою відповідністю богослужіння єдиному догматичному вченню та прагненням до однаковості. Але автокефальна Церква сама готує для себе святе миро, сама канонізує своїх святих, сама складає нові чинопослідування та піснеспіви. Повною самостійністю користуються автокефальні Церкви у сфері адміністративної та судової діяльності.
Всі автокефальні Церкви рівноправні. Православ'я відкидає не тільки Римську доктрину про намісництво Христа та непогрішність римського єпископа, але і претензії Константинопольських Патріархів на особливі права у Вселенській Церкві. Водночас у списках Церков – диптихах, – а отже, і при розподілі місць на соборах, у рамках межцерковного етикету кожній Церкві відведене своє місце в загальному ряді, і це місце її закріплюється твердо; протягом сторіч воно може залишатися незмінним, хоча це місце в диптиху, яке називають рангом честі, позбавлене догматичного значення, а обумовлене історично. В основі диптиха покладені різні принципи: давність Церков, хронологічна послідовність проголошення автокефалії, політичне значення міст із кафедрами перших єпископів.