Крім автокефальних, незалежних однієї від одної Церков, існують ще Церкви автономні. Термін “автономна Церква” – новий, але явище це, коли та чи інша помісна Церква мала досить широку, однак не повну самостійність, було відоме і в давнину, і в середньовіччя. По суті, Російська Церква до 1448 р. територіально, етнічно й політично відособлена від Церкви-Матері, мала лише обмежену залежність від Константинопольського престолу, чим рішуче відрізнялася від грецьких митрополій. У цьому значенні вона може бути прикладом церковної автономії. Головна відмінність між Церквами автокефальними й автономними полягає в тому, що перші мають самостійну низку апостольського спадкоємства, і їхні єпископи, включаючи і першого серед них, поставляються архиєреями цих Церков, а автономні Церкви такої незалежності позбавлені, їхні перші єпископи поставляються архипастирями кіріархальної Церкви. З цього випливають й інші обмеження самостійності автономної Церкви. Її статус, устав, затверджується Церквою кіріархальною, що теж є вираженням канонічної залежності. Святе миро автономні Церкви одержують від Церкви кіріархальної, вони також беруть участь у витратах на утримання вищої влади кіріархальної Церкви. Перші єпископи автономних Церков підсудні вищій судовій владі Церкви кіріархальної. Свої відносини з іншими Церквами автономна Церква здійснює за посередництвом Церкви кіріархальної.
Автономна Церква звичайно має малу кількість єпископів. Підставою для проголошення автономії можуть бути різні фактори, найчастіше, знаходження її в межах іншої держави, ніж кіріархальна Церква, а також географічна віддаленість і етнічна своєрідність. Історично проголошення автономії часто йшло за здобуттям політичної самостійності державою, де знаходиться ця Церква. Так, у 1815 р. було утворено Сербське князівство, що знаходилося у васальній залежності від Порти, і в 1832 р. Сербська Церква одержала автономію. Втрата ж державної самостійності звичайно веде і до скасування автономії. У 1878 р. Боснія та Герцеговина звільнилися від влади Туреччини й були окуповані Австро-Угорщиною, через два роки Босно-Герцеговинськая Церква одержала автономію від Константинопольського Патріархату, але зі входженням Боснії до складу Югославії автономія була скасована.
Статус автономних Церков – проміжний, перехідний, і тому в історії спостерігаються дві тенденції в долі автономних Церков: одні Церкви згодом доростають до автокефалії і зрештою одержують її, інші ж втрачають автономію, перетворюючись на звичайні митрополичі округи чи єпархії.
Нині наші диптихи знають три автономні Церкви: древню Синайську, перший і єдиний єпископ якої з титулом архиєпископа Синайського, Фаранського та Раіфського отримує хіротонію від Патріарха Єрусалимського, а також Фінляндську Церкву, кіріархальною для якої нині є Константинопольський Патріархат, і нарешті, автономну Православну Церкву в Японії: Її мати – Російська Православна Церква. Українська Православна Церква, яка отримала в 1990 р. самостійність, але зберегла юрисдикційний зв'язок із Російською Церквою, за статусом своїм близька до автономії, хоча в томосі Патріарха Московського і всієї Русі Олексія II про дарування їй самостійності термін “автономія” не вжитий.