За церковними законами, монастир може бути заснований тільки за згодою правлячого єпископа, ним він має бути й освячений.

Монастир повинен знаходитися в повній залежності від єпископа, підлягати його нагляду і суду (4 прав. Халк. Соб.). Освячений монастир не може бути перетворений на мирське житло. Він покликаний завжди служити благочестивим цілям.

Отці Двократного Собору в 1-му правилі висловили: "Будівництво монастирів, справа дуже важлива і гідна хвали, древніми блаженними і преподобними Отцями нашими розважливо винайдена, вбачається нині погано чиненою. Тому що деякі, давши своїм маєткам і садибам ім'я монастиря, і зобов?язуючись посвятити їх Богу, пишуть себе власниками того, що пожертвували. Вони хитро замислили посвятити Богу єдине найменування: бо не соромляться присвоювати собі ту ж владу і після пожертвування, яку не заборонялося їм мати раніше. І таке корчмування приплуталося до цієї справи, що на подив і засмучення тих, що бачать, багато чого присвяченого Богу явно продається тими ж, що присвятили. І не тільки немає в них каяття про те, що допускають собі володарювання над тим, що раз вже присвятили Богу, але й іншим безстрашно передають це. Заради того святий Собор визначив, нехай не буде дозволено нікому створювати монастир без відома та бажання єпископа; але з його відома та дозволу та із здійсненням належної молитви, бо ж древніми богоугодно законоположено, монастир нехай створюється: все ж, що до нього приналежне, разом із ним самим, нехай заноситься до книги, яка і нехай зберігається в єпископському архіві. І благодійник без волі єпископа аж ніяк нехай не має сміливості, самого себе, чи замість себе іншого поставити ігуменом. Тому що, якщо коли не може хто-небудь бути власником того, що подарував людині: то як може бути дозволено кому викрадати володіння тим, що він присвячує і приносить Богу".

Майно монастиря має, відповідно до канонів, навіки залишатися в монастирі. Ряд правил загрожує важкими заборонами всякому, хто насмілиться завдати шкоди монастирській власності. 24-е правило IV Вселенського Собору говорить: "Раз освяченим, з волі єпископа, монастирям перебувати монастирями назавжди: речі, які належать їм, зберігати, і надалі не бути їм мирськими житлами. Ті, що дозволяють же цьому бути, нехай підлягають покаранням за правилами".

Ця норма повторюється в 49-му правилі VI Вселенського Собору. А в 13-му каноні VII Вселенського Собору читаємо: "При нещасті в церквах, які сталися за гріхи наші, деякі святі храми єпископії і монастирі якимись людьми розкрадені, і зробилися звичайними житлами. Коли ті, що заволоділи ними захочуть віддати їх, нехай будуть відновлені як і раніше, то добро і благо є; якщо ж не так, тоді тих, що є, свяшеницького чину, наказуємо позбавляти, а ченців, чи мирян відлучати, як засуджених від Отця, і Сина, і Святого Духа, і хай вчиняется, де черв не вмирає, и вогонь не вгасає... Тому що, вони голосу Господньому противляться, який говорить: не перетворювати дому Отця Мого у дім купівлі".

Зонара у тлумаченні на це правило говорить про обставини, що послужили до його видання: "Під час іконоборчої єресі багато чинилося зухвалого проти православних. А більше за інших піддавалися переслідуванням Отці священного сану і ченці, так що багато хто з них полишали свої церкви і монастирі і втікли. Отже, коли церкви і монастирі залишалися порожніми, дехто займав їх і присвоював собі і перетворював на мирські житла"

Загальне правило про залежність монастирів від єпархіальних єпископів було "у XVII столітті піддано частковій зміні встановленням так званих ставропігіальних монастирів. Ставропігією називалося поставлення хреста при заснуванні відомого монастиря не місцевим єпископом, а Патріархом, внаслідок чого монастир отримував самостійне управління та не залежав від єпархіального єпископа".

У ставропігіальних монастирях підносили ім'я не місцевого єпископа, а Патріарха. Патріарху, що керує такими монастирями через своїх намісників, належить право нагляду за управлінням і життям монастиря, право вершити суд із справ братії. Як відзначав єпископ Никодим, "ставропігіальним правом міг користуватися всякий Патріарх у всіх єпархіях своєї області, а Константинопольський Патріарх і поза своєю областю на всьому Сході". В Росії в синодальну епоху ставропігіальними називали монастирі, що знаходилися в безпосередньому віданні Синоду, а не місцевих єпархіальних архиєреїв. У ХІХ столітті 7 обителей у Росії вважалися ставропігіальними: Ново-Спаський, Симонів, Донський і Заіконоспаський монастирі в Москві, Ново-Єрусалимський у Московській єпархії, Спасо-Яковлевський у Ростові Великому і Соловецький на Півночі. Внутрішнє управління в монастирях очолює настоятель, у всьому підлеглий єпархіальному єпископу. Спочатку настоятеля обителі називали "авва", "отець". Згодом настоятелів великих та особливо важливих монастирів називали "архимандрит" (начальник печери); настоятелів інших монастирів - "ігумен". Настоятельки жіночих монастирів називаються ігуменями.

Права архимандритів та ігуменів однакові.

Відповідно до Уставу Василія Великого і 123-ої новели (34 гл.) Юстиніана, що ввійшла в "Номоканон", братія обирає настоятеля зі свого середовища, але якщо серед братії немає особи підходящої, то його поставляє єпархіальний єпископ. Проте і кандидатуру настоятеля, обраного братією, затверджує єпархіальний єпископ чи Патріарх (у ставропігіальних обителях). У Росії в синодальну епоху прийнятий був такий порядок: настоятелі спільнотних монастирів обиралися братією і затверджувалися Священним Синодом за поданням єпархіального архиєрея, а настоятелі монастирів неспільнотних, так званих штатних, безпосередньо призначалися єпархіальним архиєреєм чи Синодом (у ставропігіальних монастирях).

Настоятель обирається не за віком, а за здібностями та заслугами. Головною турботою настоятеля є піклування про духовний поступ братії і про майно, що знаходиться в розпорядженні або власності монастиря.

Як говорить 3-й канон Двократного Собору: "Коли який настоятель монастиря, підлеглих собі ченців, що втікають, не розшукає з великим старанням, чи знайшовши не сприйме, і не потрудиться пристойним і недузі відповідним лікуванням відновити й зміцнити того, хто впав, такого святий Собор визначив піддавати відлученню від Таїнств. Тому що, якщо хто, має під наглядом безсловесних тварин, занедбає череду, не залишається без покарання, тоді той, хто прийняв пастирське начальство над паствою Христовою і своїм недбальством і лінощами марнує спасіння їх, як не піддасться покаранню за свою зухвалість. Чернець, якого ж закликають повернутися, якщо не покориться, нехай буде відлучений єпископом".

До обов'язків настоятеля входить спостереження за суворим виконанням братією чернечих обітниць і правил, піклування про регулярне і благопристойне здійснення богослужінь, нагляд за монастирським господарством. Не зловживаючи владою, настоятель має повчати братію прикладом свого життя і своїм пастирським словом. Настоятелю варто відвідувати келії ченців і дивитися, чи живе братія за уставом, стежити, щоб ніхто з братії не виходив з обителі без його відома. Але нічого важливого, що стосується життя в монастирі, настоятель не повинен починати без наради з братією. У належний час настоятель монастиря надає звіт єпархіальному архиєрею чи Патріарху про поведінку ченців, монастирське життя і монастирське господарство. З обов'язками настоятеля пов'язані і його особливі права. Уся монастирська братія має коритися йому і шанувати його як батька. Ніхто не сміє перечити йому. Для виправлення ченців і послушників, які недбалі і завинили, настоятель може накладати на них покарання. У всьому настоятелю належить першість у монастирі.

ід його керівництвом і в залежності від нього в монастирях призначаються посадові особи, що відповідають за ті чи інші сторони життя монастиря: намісник, керуючий монастирем по благословенню настоятеля і в межах, визначених самим настоятелем; духівник, на якого покладається духовне керування братією, обов'язок сповідати ченців; економ, що допомагає настоятелю і наміснику в завідуванні монастирським господарством. Всі ці особи на чолі з настоятелем утворюють духовний собор, що обговорює та вирішує найважливіші монастирські справи.

Церковна служба в монастирських храмах відбувається за чергою ієромонахами та ієродияконами монастиря. На чолі всіх монастирів єпархії можуть стояти монастирські благочинні, які діють під керівництвом єпархіального архиєрея.

Монастирі вплинули на життя Православної Церкви. В епоху догматичних суперечок ченці багато зробили для того, щоб православні зверталися до монастирів за підтримкою. У часи іконоборства ченцям на собі довелося винести основний тягар боротьби за іконошанування. За це вони піддавалися жорстоким гонінням. На іконоборчому Соборі 754 р. тільки три єпископи було засуджено єретиками за іконошанування. Отже, майже всі інші східні ієрархи приєдналися до іконоборців. Тим часом ченці продовжували відстоювати шанування ікон. VII Вселенський Собор, на якому був сформульований догмат про шанування ікон, особливим чином вшанував заслуги ченців у відстоюванні Православ'я: ченці подавали на Соборі голоси разом з єпископами. Під соборними актами стоять підписи 130 ченців.

У Х столітті центром чернечого подвижництва на Сході стає Афон. Устрій життя, який склався там у Х сторіччі за преп. Афанасія, зберігається без істотних змін і сьогодні. Афонські монастирі нині розташовані на території Греції, але, як і на самому початку своєї історії, Афон знаходиться під юрисдикцією Константинопольського Патріарха. Однак обителі Святої Гори мають досить широку незалежність і від Первоієрарха.

Насельники Афонських монастирів належать до різних національностей: як у давнину, так і тепер там переважають греки; у XIX столітті більшість ченців становили вихідці з Росії. На Святій Горі подвизаються також монахи - араби, болгари, серби, румуни. 20 святогорських монастирів разом із залежними від них скитами і келіями становлять своєрідну чернечу республіку. Свята Гора керується загальними зборами 20-ти представників від монастирів, очолюваних протосом. Загальні збори як перша інстанція розглядають суперечки між монастирями і скитами. Апеляції подаються на ім'я Константинопольського Патріарха. Серед афонських монастирів є обителі спільнотні (кіновії) і окреможительні (ідіоритмічні).