Как справедливо замечают многие исследователи, борьба за свободу греческой нации началась не 25 марта 1821 года, а 30 мая 1453 года, то есть непосредственно на следующий день после взятия Константинополя. Это была борьба Греческой Православной Церкви, которая после порабощения греков стала укреплять подавленный национальный дух. Люди приходили в обедневшие храмы для молитвы, а также для того, чтобы остаться самими собой, для связи со своими соотечественниками. Этому способствовало все: византийская символика в обрядах, греческий язык Евангелия, молитв и песнопений, школы, организованные священниками и т.д. Особенным днем в годы турецкого владычества, днем, который вселял надежду на освобождение, была Пасха. Такие песнопения как «Да воскреснет Бог, и расточатся врази его», а также «Христос воскресе из мертвых» (оно сопровождалось выстрелами в воздух) были победоносным кличем греческой нации на протяжении веков.

Они вселяли в души людей мужество, с которым совершались восстания. Эти восстания жестоко подавлялись, пока, наконец, не совершилось победоносное восстание 1821 года.

Когда султан Мехмед II захватил Константинополь, он оставил грекам свободу вероисповедания. Он также сохранил власть патриарха, которым и стал Геннадий Схоларий, известный своим авторитетом и влиятельностью среди греков. Церемония его избрания и хиротонии была такой же, как и раньше, при византийских императорах. Султан оказал ему почести и пообещал много привилегий. Он подарил патриарху золотой посох, украшенный драгоценными камнями, как раньше делали византийские императоры при избрании нового патриарха, в знак власти, которую получал глава Церкви. Турки признавали патриарха как этнарха, главу и защитника всей греческой нации.

Своим указом, который был прислан патриарху со многими дарами, султан закрепил за главой Церкви все обещанные права. «Патриаршествуй в мире и пользуйся нашей дружбой в своих надобностях и пожеланиях, имея привилегии своих предшественников». Эти привилегии составили тогда юридическую базу Вселенского Патриархата. Патриарх был верховным главой всех храмов и монастырей, а также имел судебную и административную власть над мирянами. Султан был вынужден уступить Церкви некоторые права и сохранить ее независимость и авторитет. Он понимал, для того чтобы турки (бывшие в то время кочевниками) смогли создать и сохранить государство, им нужны были греки. Было необходимо, чтобы местное население оставалось на захваченной земле.

Позднее же независимость и привилегии Церкви были отняты турками, а турецкая власть стала весьма жестокой и суровой по отношению к райя – так называли христиан, подданных Османской империи.

Таким образом Константинопольский Патриархат осуществлял руководство в духовной жизни и одновременно был единственным официальным органом, представлявшим православный греческий мир. Без него христиане оказались бы не только без духовного, но и без политического руководства. Не имея перспектив и защиты, они были бы сломлены притеснениями турков. И это относится не только к грекам, но и к другим порабощенным народам, оказавшимся под духовным руководством Константинопольского Патриархата, – к румынам, болгарам, сербам, албанцам. По словам профессора Г. Конидариса, «создание христианских государств в юго-восточной Европе стало возможным благодаря деятельности Церкви».

В годы турецкого владычества деятельность Церкви была также направлена на развитие образования. Патриарх Геннадий (основавший также школу философии) основал Патриаршую школу сразу после того, как стал патриархом, в 1454 году. Она стала основным очагом, в котором горела искра образования.

Однако турки не сдержали обещаний, данных Церкви, и не сохранили церковные привилегии. Поэтому, особенно в первые века турецкого владычества, христиане не пользовались свободой вероисповедания и образования. Все зависело от наместников-пашей. Например, фанатики-исламисты запрещали любые формы образования и изучение научных книг даже мусульманам. Насколько же сложнее было христианам добиться права обучать и обучаться!
В таких условиях возникли тайные школы. Они функционировали при многих греческих храмах, при монастырях и даже в домах клириков. Преподавание происходило ночью и тайно. Согласно свидетельству Н. Драгумиса, во время занятий один из учеников стоял у окна и предупреждал остальных, когда видел приближение турков. Учителями в тайных школах были епископы, другие клирики или монахи. Миряне преподавали редко. «Образование в первые века турецкого владычества находилось исключительно в руках Церкви, и ее усилия в этой сфере значительны», – пишет исследователь Н. Своронос.

В 1593 году патриарх Иеремия II созвал синод и объявил, что православные митрополиты должны основывать школы и оказывать посильную помощь учителям и ученикам, «чтобы божественные и святые буквы могли преподаваться». Также патриарх побудил епископов заботиться об образовании в своих епархиях и тратить на него необходимые средства, так чтобы даже те люди, у которых не было денег, могли учиться.
В 1680 году Иерусалимский патриарх Досифей основал типографию в Яси, а чуть позже – и в Бухаресте. Ученый П. Каролидис пишет: «Константинопольский Патриархат в XVII веке являл патриархов-великомучеников, которые непрерывно работали ради духовного развития греческого народа, строя школы, издавая душеполезные книги в патриаршей типографии, поддерживая и сохраняя архаичный церковный язык и, прежде всего, укрепляя веру греческого народа и его преданность отеческому преданию».

Монахи с Афона поддерживали порабощенную нацию своими посланиями и проповедями и помогали сохранять Православие. Так, в 1743 году при Ватопедском монастыре была основана школа, одна из наиболее значимых и крупных в греческом мире. Программа обучения включала в себя два цикла, состоявших из девяти наук. Первый цикл из четырех наук соответствовал школьному образованию, второй — университетскому.
Александрийский патриарх Мелетий превратил Церковь практически в школу, в средоточие учителей. Исследователь К. Сатас отмечает, что на всем протяжении турецкого владычества на территории Османской империи проживало около 1500 образованных греков.

При этом более двух третей из них принадлежали к священству. Практически все они вели просветительскую деятельность, не требуя никакой платы, живя в бедности.
Одновременно с этим Церковь, используя возможность проповедовать слово Божие, распространяло свою деятельность не только на просветительскую сферу, но и на политику. Патриархи, епископы и священники находили в себе мужество критиковать, напрямую или завуалировано, несправедливые и деспотичные действия захватчиков. Они утешали и воодушевляли свою угнетаемую паству на протяжении всех веков турецкого владычества. Таким образом, Церковь приняла на себя и политическое руководство паствой. Все ее усилия были направлены на объединение греческой нации перед лицом угнетателей. При этом Церковь не стремилась безоговорочно подчинить себе народ, наоборот, она служила ему, направляя к победе.

Многие историки утверждают, что в годы турецкого владычества Церковь была связующим элементом всех греков. Несмотря на то, что порабощение нанесло серьезный удар, Церковь, дававшая ощущение независимости и национальной самоидентификации, сохранила греческий дух. Она вселяла надежду на грядущее освобождение. Историк Н. Своронос пишет, что Православная Церковь, будучи неразрывно связанной с греческим народом, находилась во главе тех сил, которые противостояли турецкому влиянию на национальное самосознание, и сохранила это самосознание в тяжелейших условиях османского владычества.