У червні 1941 р. вибухнула радянсько-німецька війна. Значна частина території України була швидко окупована німецькою армією. На окупованій території було створено рейхскомісаріат «Україна». 18 серпня 1941 р. в Почаєві, таємно від Церкви, відбувся «Обласний собор єпископів Православної Церкви в Україні» у складі 4 єпископів, який ухвалив неканонічне рішення про вихід з юрисдикції Православної Церкви в Польщі та перехід в юрисдикцію Московської патріархії, внаслідок чого утворилася так звана «Автономна Церква». Митрополит Діонисій, Предстоятель Православної Церкви в Польщі, осудив «собор» у Почаєві, а дії єпископів, спрямовані на розрив зі своїм законним Предстоятелем, кваліфікував як розкол . Німецька окупаційна влада заборонила митрополиту Діонисію будь-яку адміністративну та духовну діяльність за межами так званого генерал-губернаторства, утвореного на території окупованої Польщі. Тому, з огляду на загрозу поширення розколу та фактичну неможливість здійснювати функції Предстоятеля в Україні, 24 грудня того ж року митрополит Діонисій призначив архієпископа Луцького Полікарпа (Сікорського) Тимчасовим Адміністратором Православної Автокефальної Церкви в Україні, а також благословив архієпископам Полікарпу та Олександру висвячувати нових єпископів для України.

 

10 лютого 1942 р. на прохання групи віруючих та духовенства УАПЦ формації 1921-30 рр. Собор єпископів у Пінську прийняв їх в юрисдикцію Православної Автокефальної Церкви в Україні. Московська патріархія, вивезена більшовиками в Ульяновськ, не могла змиритися з втратою своєї влади над Церквою України, а тому вирішила спрямувати свій удар на главу цієї Церкви – владику Полікарпа (Сікорського). Хоча він ніколи не належав до РПЦ, Архієрейський Собор цієї Церкви 28 березня 1942 р. неканонічно заочно «засудив його до позбавлення сану» . На основі цього рішення РПЦ не визнавала ієрархію УАПЦ в діаспорі , в той час як Константинопольський Патріархат визнає цю ієрархію канонічною . 9-17 травня 1942 р. в Києві відбувся Архієрейський Собор Православної Автокефальної Церкви в Україні, на якому було вирішено висвятити нових єпископів, серед яких був висвячений і єпископ Переяславський Мстислав (Скрипник) – у майбутньому Патріарх Київський і всієї України. Собор також вирішив вважати, до скликання Всеукраїнського церковного Собору, Митрополита Діонисія Місцеблюстителем Київського Митрополичого Престолу. Таким чином Українська Православна Церква фактично відновила свою автокефалію, а канонічний зв’язок з митрополитом Діонисієм визнавався і ним, і Українською Церквою тимчасовим, до скликання повноцінного Помісного Собору, засобом збереження канонічної єдності УПЦ з Вселенським Православ’ям. На жаль, через воєнні дії такий Собор не міг бути зібраний в той час.

 

Протягом 1943-44 рр. радянські війська поступово повернули під владу СРСР всі окуповані Німеччиною землі. Знаючи з досвіду УАПЦ 20-30-х рр. про ставлення більшовицької влади до української ієрархії, а також через позицію німецької влади, єпископат УАПЦ до 1944 р. практично в повному складі опинився у вигнанні за межами України. Тут, у Варшаві, з 11 березня по 8 квітня 1944 р. відбувся Собор єпископів УАПЦ, на якому до Всеукраїнського помісного Собору найвищим органом Церкви визнавався Собор єпископів. Очолив цей Собор митрополит-адміністратор з титулом «Місцеблюститель Київського Митрополичого Престолу». З відома Предстоятеля Польської Православної Церкви митрополита Діонисія митрополитом-адміністратором УАПЦ був обраний владика Полікарп. Таким чином помісний статус УАПЦ, проголошений Архієрейським Собором, був визнаний киріархом – Предстоятелем Польської Православної Церкви , від якого походила лінія апостольського преємства ієрархії УАПЦ.

 

Після розгрому Німеччини єпископи УАПЦ на чолі з Місцеблюстителем митрополитом Полікарпом опинилися в різних кутках Заходу – від Європи до Америки, але єпископат продовжував зберігати формальну юрисдикційну єдність як Українська Автокефальна Православна Церква в Діаспорі. Саме до ієрархії цієї Церкви приєднався митрополит Іван Теодорович, який був Предстоятелем УПЦ в США. Останнім Місцеблюстителем Київського Митрополичого Престолу УАПЦ в Діаспорі був митрополит Мстислав (Скрипник).

 

Незважаючи на орієнтовану на Московську патріархію позицію т. зв. Автономної Церкви, після повернення в Україну радянської влади її, як і рештки УАПЦ, було ліквідовано. З традиційної для Московського Патріархату позиції сили духовенство і парафії приєднувалися до відновленого Українського Екзархату РПЦ, на чолі якого з 12 лютого 1944 р. був поставлений з титулом «Митрополит Київський і Галицький, Патріарший Екзарх всієї України» Іоан (Соколов). Росіянин за походженням, цей ієрарх був наближеним до новообраного з дозволу більшовицької влади у вересні 1943 року Московського Патріарха Сергія. Без скликання будь-яких Соборів та без інших, непотрібних РПЦ «формальностей», він приєднував до Екзархату парафії, а священиків УАПЦ ще й пересвячував, як нібито неканонічних. Умови більшовицької влади не дозволяли будь-якого активного опору діям Московської патріархії, а тому до поч. 90-х рр. частина Української Православної Церкви на Батьківщині залишалася у вимушеному підпорядкуванні РПЦ.