В травні 1966 року на Київську кафедру був призначений архієпископ, згодом митрополит Філарет (Денисенко). Як Екзарх всієї України митрополит Філарет фактично очолював Українську Православну Церкву на Батьківщині, але через реалії існування СРСР тільки у 1989 р. його старанням Український Екзархат РПЦ отримав перші ознаки справжньої автономії. Згідно з визначеннями Помісного Собору Російської Православної Церкви від 7-8 червня 1990 року та Архиєрейського собору РПЦ від 25-27 жовтня того ж року, за Грамотою Патріарха Московського і всієї Русі Алексія ІІ від 27 жовтня 1990 року на ім’я митрополита Київського і всієї України Філарета, Український Екзархат Російської Православної Церкви став незалежною і самостійною в управлінні Українською Православною Церквою . Ще в липні 1990 р. на Соборі митрополит Філарет єпископатом УПЦ був одноголосно обраний Предстоятелем УПЦ, що було пізніше підтверджено найвищим керівним органом УПЦ – Собором, який відбувся 1-3 листопада 1991 р. в Києві. На жаль, при встановленні нового статусу УПЦ не було чітко окреслено розмежування повноважень між Московською патріархією та її установами з одного боку та установами УПЦ – з іншого. Віднесення остаточного рішення щодо статусу та прав УПЦ на майбутній Помісний Собор РПЦ, який від 1990 року ще не збирався (хоча мав би збиратися, відповідно до Статуту 1988 р., кожні п’ять років, тобто у 1995, 2000 та 2005 роках ), не сприяло нормальному існуванню УПЦ в складі РПЦ. Фактично межі «незалежності та самостійності в управлінні» УПЦ в складі Московського Патріархату визначалися особистими якостями Предстоятеля та єпископату Української Православної Церкви .

 

Одночасно в Україні розгорнувся стихійний рух за повну автокефалію УПЦ. В червні 1990 року в Києві відбувся Собор, який обрав Місцеблюстителя Київського Митрополичого Престолу митрополита Мстислава (Скрипника) Предстоятелем УАПЦ в Україні, а саму Церкву підніс до статусу Патріархату. Після довгих років Українська Автокефальна Православна Церква повернулася з вигнання на Батьківщину.

 

У той час коли Україна перебувала в складі СРСР, ієрархія УПЦ не бачила достатніх передумов для відновлення автокефалії Української Церкви, але коли 24 серпня 1991 р. було проголошено державну незалежність України, такі передумови з’явилися. Згідно з історичною традицією та канонічними правилами в незалежній державі зі значною частиною населення православного віросповідання утворюється Помісна Православна Церква. Відповідно до цього 1-3 листопада 1991 р. в Києво-Печерській лаврі відбувся Собор УПЦ, на якому було ухвалено рішення про автокефалію Української Православної Церкви. Підставою для цього було те, що УПЦ здійснює своє служіння в окремій незалежній державі, має достатню кількість єпископату й духовенства, духовні навчальні заклади та монастирі, до православ’я відносить себе більш як половина населення держави. У сукупності всі ці фактори роблять УПЦ однією з найбільших Церков Вселенського Православ’я .

 

Разом з тим, через кампанію наклепів на Предстоятеля УПЦ, яка розгорталася в пресі, Собор ухвалив рішення про висловлення йому довіри, а також підтвердив його обрання Архієрейським собором УПЦ в 1990 р. Під постановами Собору стоять підписи всіх правлячих архієреїв УПЦ, делегатів від усіх єпархій, духовних навчальних закладів та монастирів. Помісний Собор УПЦ – це найвищий орган управління Церквою, а тому всі рішення, які пізніше приймалися всупереч його постановам, є неканонічними та не повинні визнаватися.

 

У відповідь на рішення Собору УПЦ керівництво РПЦ вирішило зробити все можливе для того, щоб зберегти адміністративну єдність Московського Патріархату, навіть ціною порушення канонів та розколу Української Церкви . Московською патріархією, разом з відповідними державними службами (колишній Комітет державної безпеки), була розгорнута кампанія з дискредитації особи Предстоятеля УПЦ. Розгляд постанов Собору УПЦ свідомо затягувався, а виграний час Московська патріархія та спецслужби використали для того, щоб організувати в середовищі єпископату та духовенства УПЦ групу розкольників, на яких можна було б спиратися у боротьбі проти автокефалії УПЦ та проти її Предстоятеля. У кожну єпархію та найбільші монастирі УПЦ було надіслано емісарів з Московської патріархії, які агітували духовенство і віруючих виступити проти автокефалії та вимагати заміни Предстоятеля УПЦ на лояльного до Москви.

 

Напередодні призначеного на 1 грудня 1991 року референдуму про державну незалежність України в Києві пройшов Міжрелігійний форум. В роботі форуму взяли участь представники УПЦ та УАПЦ, і вже тоді намітилася позитивна тенденція до зближення цих двох гілок Української Церкви і поєднання їх в одну Помісну Церкву.